育秧床土的選取和配制是育秧成敗的前提。根據育秧方式育秧床土有泥漿和旱地土（基質）兩種。

（1）稻田泥漿。在適宜作秧田的稻田里，用手扶拖拉機帶水旋耕2～3遍，然后作秧板。播種前１～２天，在秧溝里撒施氮、磷、鉀比例為15∶15∶15的復合肥，用量為每畝秧田20-25公斤，并與秧溝里的泥漿反復攪拌，在攪拌的同時去除泥漿里小石子、田螺和稻茬等雜物。另也可利用干凈的池塘泥、河泥，泥漿粘稠要適度，過稠時加水攪拌，取泥時要去除泥中雜物，現取現用。

(2)旱地土（基質）。旱地土取土前要求進行小規模的育秧試驗，觀察了解土壤對出苗的影響，以決定是否可作育秧營養土用。另外，在旱地土育秧時還應該準備一些未經培肥及添加壯秧劑的過篩細土，一般每畝25公斤左右，主要用作播種后的蓋土。

機插一畝大田一般需備營養細土100公斤，南方旱地土多采自菜園土，或秋耕冬翻的稻田土，或其它適宜的山上黃泥土。將土壤粉碎過篩，細土粒徑不得大于5毫米，其中，2～4毫米粒徑的應達60%以上。要根據土壤的類型及肥沃程度合理培肥。一般肥沃疏松的菜園土過篩后可直接作床土；稻田土于早春在田塊取土，粉碎曬干過篩后每100公斤土加氮、磷、鉀比例為15∶15∶15的復合肥125～250克及250克左右的壯秧劑，均勻攪拌，起培肥、調酸、殺菌、壯秧作用；黃泥土要求質地疏松，不用深層隔泥，按黃泥和砂2.5:1的比例均勻攪拌混合后并分別加入250g左右復合肥和壯秧劑。禁用未腐熟的廄肥、尿素、碳銨等直接作底肥，以防肥害燒苗。旱地土加工后通過集中堆悶、農膜覆蓋等措施，使肥土充分熟化。

理想的床土，要求質地疏松、透水通氣、保水力強、肥力適中、中性偏酸, pH值為5.0～6.0，連作早稻育秧以5.0～5.5較為理想。試驗證明，當pH值在6.0以上時，土壤中速效磷、水溶性鉀減少，鐵、鈣大量沉淀，錳、硼吸收率降低，微生物活動也會受到制止。特別是作為水稻幼苗生長所需要的養分之一的鐵將失去活性，難以被根系吸收，導致秧苗因缺鐵而葉色轉黃，抗病力減弱。當pH值在5.0～5.5時，根系對鐵的吸收順利，培育出來的秧苗色翠綠、苗高適中、根系發達、百株干重高、胚乳消耗率低、耐寒力強，既使是連作早稻育秧期間在氣溫變化大的條件下，也不易發生腐霉病和立枯病。

連作早稻立枯病發生輕重還與育秧時的溫度有關。當播種期日均溫在10℃以下，pH值超過6.0時須對床土進行調酸；播種期日均溫穩定在10℃以上，pH值超過6.5時須對床土進行調酸。一般情況下，土壤調酸工作要在播種前20天進行，PH值6.0～7.0的土壤，每平方米床土施硫磺粉50～70克，pH值7.0以上每平方米施硫磺粉75～100克，施后均勻拌于10cm的床土中，并澆足水以促進分解。由于壯秧劑中已有硫磺粉成分，多數土壤施用壯秧劑后也可以起到調酸作用。

連作晚稻由于育秧期間氣溫高，秧苗生長快，同時受生育期限制，要盡可能延長秧齡，需要減少施肥量和增施多效唑來控制秧苗高度。研究表明，多效唑（MET）對秧苗株高具有較好的控制作用。連作晚稻育秧時一般每平方米施用15%多效唑60～90克，可以合理調控秧苗生長，培育壯秧。